El papel principal en este juego lo tiene Samus; su misión es infiltrarse en la fortaleza del planeta Zebes y destruir a Mother Brain. Usa sus habilidades especiales y lucha sala tras sala para cumplir tu misión.

Busca objetos escondidos en Zebes para mejorar el traje de Samus y obtener habilidades o ataques nuevos. Gracias a ellos, podrás penetrar en otras zonas de Zebes que antes eran inaccesibles.