Nei panni di Samus, devi infiltrarti nella fortezza del Pianeta Zebes e distruggere Mother Brain. Durante la tua ricerca, usa tutte le tue abilità speciali per riuscire ad attraversare ogni area.

Cerca gli strumenti nascosti su Zebes per potenziarti. Con alcuni di essi otterrai nuove abilità e nuovi attacchi, grazie ai quali potrai accedere ad aree di Zebes che prima ti erano precluse.