Cuando Mega Man haya derrotado a un robot jefe, podrá utilizar su arma especial. Para utilizarla durante el juego, pulsa para acceder a la pantalla de selección de arma. Selecciona el arma que quieras con y pulsa para confirmar. Cada arma tiene su propio medidor de energía que se agotará con el uso. Puedes recuperar toda la energía del arma cogiendo objetos de energía de ataque. El arma normal no gasta energía de ataque.