Na het verslaan van een robot aan het einde van een level, kan Mega Man gebruikmaken van zijn speciale wapen. Om het speciale wapen in het spel te gebruiken, druk je op om het spel te pauzeren en het wapenscherm op te roepen. Gebruik om het gewenste wapen te selecteren en druk op om je keuze te bevestigen. Ieder wapen heeft een eigen energiebalk die bij gebruik terugloopt, maar aangevuld wordt als Mega Man wapenenergievoorwerpen verzamelt. Mega Mans standaardwapen verbruikt geen energie en kun je daarom eindeloos gebruiken.