Ogni volta che Mega Man sconfigge un boss, ne acquisisce l’arma speciale. Per poterla usare durante il gioco, premi per accedere allo schermo selezione arma. Scegli l’arma con e premi nuovamente per confermare. Ciascuna arma ha la sua barra energia che si svuota man mano che la usi, ma che si riempie di nuovo quando Mega Man trova delle Ricariche armi.
L’arma standard di Mega Man non perde energia e pertanto può essere sempre usata.