Jedes Mal, wenn Mega Man einen Boss besiegt hat, kann er dessen Spezialwaffe einsetzen. Um während des Spiels die Spezialwaffe einsetzen zu können, drücke , um den Waffenauswahlbildschirm anzeigen zu lassen. Wähle mithilfe von die gewünschte Waffe an und drücke erneut , um sie auszuwählen. Jede Waffe besitzt ihre individuelle Kraftleiste, die abnimmt, wenn die Waffe eingesetzt wird. Sie kann aufgefüllt werden, wenn Mega Man Waffenkraft-Items findet. Mega Mans Standardwaffe verbraucht keine Waffenkraft und besitzt somit unendlich Munition.