Vous incarnez Mega Man et devez une fois de plus sauver le monde de la menace que représentent le maléfique Dr Wily et ses huit nouveaux robots.

Vous commencez une partie avec trois vies. Lorsque votre jauge d’énergie est vide, que vous touchez certains éléments du décor ou que vous tombez dans un trou, vous perdez une vie. Si vous perdez toutes vos vies, la partie est terminée.

Une fois que vous aurez terminé les huit niveaux, le niveau du Dr Wily apparaîtra. Vous devrez alors traverser sa forteresse avant de l’affronter en personne.