Je speelt Mega Man, die al eerder tegen de slechte wetenschapper Dr. Wily heeft gevochten. Ook deze keer moet je de wereld redden van Dr. Wily en zijn acht splinternieuwe robotbazen.

Je begint het spel met drie levens. Wanneer je levensmeter leegraakt, je bepaalde dodelijke objecten aanraakt of als je in een gat valt, verlies je een leven. Als je geen levens meer overhebt, is het spel afgelopen.

Nadat je de acht robotbazen hebt verslagen, verschijnt Dr. Wily’s level en ga je de strijd met hem aan.