Tras derrotar al jefe de cada nivel, Mega Man se apoderará de su arma. Además, al vencer a algunos jefes, el perro robot Rush adquirirá nuevas habilidades. El Muelle Rush está disponible desde el principio de la partida.

También hay dos herramientas especiales ocultas en algún lugar de los diferentes escenarios. ¡Mantén los ojos bien abiertos!

Cuando quieras usar o equiparte con una de las armas o herramientas, con una de las habilidades de Rush o con un tanque de energía, pulsa y se mostrará el menú de pausa. Usa para seleccionar un elemento de la lista y confirma la selección con o .

Cuando utilices una de las armas de los robots jefe, una de las habilidades de Rush o una herramienta, el indicador de energía de ataque se irá vaciando progresivamente. Por suerte, podrás recargarlo gracias a algunos objetos que encontrarás a medida que avances. Cuando superes un nivel, el indicador se restablecerá por completo. El Mega Cañón, que es el arma principal de Mega Man, no se agota nunca.

Nota: El indicador de energía de ataque no se rellenará entre fases que enlacen directamente, sin elección por parte del jugador.

MEGA BUSTER (Mega Cañón)	Es el arma principal de Mega Man. Para disparar una carga, mantén pulsado hasta que Mega Man brille, y entonces suelta el botón.
FLASH STOPPER (Ráfaga paralizante)	La obtendrás al vencer a Bright Man. Al activarla, se congela el tiempo y los rivales quedan paralizados, lo que permite a Mega Man disparar su cañón con total libertad. Desgraciadamente, el efecto tiene una duración limitada y la mayoría de los jefes son inmunes a él.
RAIN FLUSH (Lluvia ácida)	La obtendrás al vencer a Toad Man. Dispara un pequeño recipiente que, al explotar, se convierte en una descarga de lluvia ácida y daña a todos los enemigos que aparezcan en pantalla.
DRILL BOMB (Bomba taladro)	La obtendrás al vencer a Drill Man. Dispara un pequeño taladro que explota al impactar. Puedes detonarla antes, si lo deseas, pulsando .
PHARAOH SHOT (Cañón del Faraón)	Lo obtendrás al vencer a Pharaoh Man. Dispara un pequeño proyectil esférico. Como ocurría con el Mega Cañón, puedes aumentar la potencia del disparo. Al empezar a cargarlo, aparecerá una esfera sobre la cabeza de Mega Man; cuanto mayor sea su tamaño, más potencia tendrá el disparo. Además, esta esfera también puede usarse para que impacte sobre los enemigos.
RING BOOMERANG (Bumerán circular)	Lo obtendrás al vencer a Ring Man. Dispara un anillo de grandes dimensiones que retorna siempre a su punto de partida. Es de corto alcance, pero tiene una gran potencia.
DUST CRUSHER (Lanzabasuras)	Lo obtendrás al vencer a Dust Man. Dispara un proyectil de basura concentrada, más potente que la munición normal y que, al impactar contra un objetivo, estalla desperdigando trozos de metralla en cuatro direcciones distintas.
DIVE MISSILE (Lanzamisiles)	Lo obtendrás al vencer a Dive Man. Dispara un misil buscador.
SKULL BARRIER (Barrera calavérica)	La obtendrás al vencer a Skull Man. Rodea a Mega Man con una barrera protectora que le protege y daña a sus enemigos. Desaparece tras recibir un impacto.

Cuando quieras utilizar una de las habilidades de Rush, equípate con ella y pulsa para que Rush se teletransporte hasta tu posición. Salta sobre él para valerte de su muelle o para pilotarlo. Mientras uses a Rush, no podrás aumentar la potencia de los disparos del Mega Cañón.

RUSH COIL (Muelle Rush)	Usa el muelle de Rush para saltar a gran altura.
RUSH MARINE (Submarino Rush)	Rush se transforma en un submarino, lo que facilita el movimiento de Mega Man debajo del agua. Esta habilidad no puede usarse en tierra firme. Puedes dirigir el submarino con .
RUSH JET (Jet Rush)	Rush se transforma en un jet. Salta sobre él y saldrá volando. Para pilotarlo, pulsa ⇧ / ⇩.

WIRE ADAPTER (Gancho extensible)	Mantén pulsado ⇧ y pulsa para lanzar un gancho que se incrustará en el techo y te elevará hasta la altura que desees. Cuando quieras soltarte, solo tienes que pulsar ⇩ o . El gancho también infligirá daño a cualquier enemigo que se cruce en su camino.
BALLOON ADAPTER (Plataforma flotante)	Crea una plataforma flotante en forma de globo que desaparecerá pasados unos segundos. ¡Úsala para auparte a las alturas!

En tu camino encontrarás muchos objetos valiosos. Algunos aparecerán al avanzar por un nivel, otros cuando derrotes a distintos enemigos.

LIFE ENERGY (Energía vital)	Tiene dos tamaños distintos. Con el más pequeño recuperarás dos secciones de la energía vital de Mega Man; con el mayor recuperarás diez secciones.
WEAPON ENERGY (Energía de ataque)	Encontrarás este objeto con dos tamaños. El más pequeño te permite recuperar dos secciones de la energía de ataque de Mega Man, mientras que el mayor restituye diez secciones. La energía de ataque recuperada se aplica al arma o a la habilidad de Rush que estés utilizando en ese momento.
ENERGY TANK (Tanque de energía)	Puedes llevar hasta nueve tanques de energía. Al utilizar uno en el menú de pausa, Mega Man recuperará toda su energía vital.
1 UP (Vida extra)	Suma una vida al contador de vidas restantes de Mega Man, hasta un máximo de 9.