Quand vous réussissez à vaincre un boss, vous récupérez son arme. De plus, lorsque certains boss sont détruits, votre chien-robot Rush obtient de nouvelles capacités. Rush peut utiliser sa capacité
R. COIL (RUSH COIL, ressort spécial) dès le début du jeu.

Deux adaptateurs spéciaux sont également cachés dans les niveaux. Essayez de les trouver!

Pour équiper/utiliser une arme, une capacité de Rush ou un adaptateur, appuyez sur pour afficher le menu de pause. Utilisez pour sélectionner une nouvelle arme, un nouvel objet ou une réserve d’énergie puis confirmez votre choix avec ou .

Quand vous utilisez une arme de boss, une capacité de Rush ou un adaptateur, la jauge de l’arme ou de l’objet sélectionné diminue progressivement. Pour la remplir à nouveau, ramassez les recharges placées sur votre parcours. A chaque nouveau niveau, cette jauge est restaurée. De plus, il est inutile de recharger votre arme de début de jeu, le MEGA BUSTER (bras-canon).

Note: l’énergie de l’arme n’est pas remplie entre les niveaux qui se suivent directement.

M. BUSTER  (MEGA BUSTER)	Arme initiale de Mega Man. Pour la charger avant de tirer, maintenez enfoncé jusqu’à ce que Mega Man clignote, puis relâchez le bouton.
BRIGHT (FLASH STOPPER)	Arme de Bright Man. Arrête le temps et immobilise vos ennemis pendant un certain temps, ce qui vous permet de leur tirer dessus en toute tranquillité. La plupart des boss n’y sont pas vulnérables.
TOAD (RAIN FLUSH)	Arme de Toad Man. Propulse un récipient vers le haut qui explose en une pluie acide infligeant des dégâts à tous les ennemis à l’écran.
DRILL (DRILL BOMB)	Arme de Drill Man. Propulse une petite perceuse qui explose à l’impact. Vous pouvez aussi la faire détoner plus tôt en appuyant sur .
PHARAOH (PHARAOH SHOT)	Arme de Pharaoh Man. Propulse une petite sphère vers l’avant. Vous pouvez charger votre tir comme avec le MEGA BUSTER. Observez la taille de la sphère au-dessus de Mega Man pour vérifier le niveau de charge de l’arme. Cette sphère peut aussi infliger des dégâts à vos ennemis s’ils entrent en contact avec elle pendant que vous la chargez.
RING (RING BOOMERANG)	Arme de Ring Man. Projette un grand anneau qui revient toujours vers Mega Man. Ce projectile a une faible portée, mais il est extrêmement rapide.
DUST (DUST CRUSHER)	Arme de Dust Man. Tire un projectile fait de ferraille comprimée plus puissant que les tirs du MEGA BUSTER. Les débris qu’il projette en explosant peuvent blesser les ennemis.
DIVE (DIVE MISSILE)	Arme de Dive Man. Tire une torpille à tête chercheuse.
SKULL (SKULL BARRIER)	Arme de Skull Man. Génère une barrière protectrice autour de Mega Man pouvant infliger des dégâts aux ennemis. Elle disparaît quand elle est touchée par un tir.

Pour utiliser une capacité de Rush, équipez-la puis appuyez sur pour que Rush se téléporte devant vous. Sautez sur Rush pour atteindre des lieux élevés (R. COIL) ou pour le diriger (R. MARINE, R. JET). Quand vous activez une capacité de Rush, vous pouvez utiliser votre bras-canon, mais vous ne pouvez pas charger vos tirs.

R. COIL (RUSH COIL)	Transforme Rush en ressort pour vous permettre de sauter plus haut.
R. MARINE (RUSH MARINE)	Transforme Rush en mini sous-marin pour vous déplacer facilement sous l’eau. Cette capacité ne fonctionne pas sur la terre ferme. Utilisez pour diriger Rush.
R. JET (RUSH JET)	Transforme Rush en plate-forme volante pour vous aider à atteindre des endroits difficilement accessibles. Sautez sur lui pour qu’il commence à se déplacer. Utilisez ⇧/⇩ pour diriger Rush.

WIRE (WIRE ADAPTOR)	Maintenez ⇧ enfoncé puis appuyez sur pour lancer un grappin qui s’attache au plafond et vous tire vers le haut. Appuyez sur ⇩ ou pour détacher le grappin. Cet adaptateur inflige des dégâts aux ennemis se trouvant sur sa trajectoire lorsqu’il est lancé.
BALLOON (BALLOON ADAPTOR)	Crée un ballon servant de plate-forme volante et montant progressivement avant de disparaître après quelques secondes. Utilisez-en plusieurs pour atteindre les endroits les plus élevés!

Vous pouvez ramasser différents objets tout au long de votre parcours. Certains sont disséminés dans les niveaux, tandis que d’autres apparaissent lorsque vous détruisez un ennemi.

Capsules d’énergie	Se déclinent en deux versions: la plus petite restaure deux barres de votre jauge d’énergie et la plus grande, dix barres.
Recharges	Se déclinent en deux versions: la plus petite restaure deux barres de la jauge de l’arme ou de l’objet et la plus grande, dix barres. L’énergie restaurée revient à l’arme spéciale, à la capacité de Rush ou à l’adaptateur utilisé au moment où vous ramassez une recharge.
Réserve d’énergie	Restaure en totalité votre jauge d’énergie. Vous pouvez accumuler jusqu’à neuf réserves d’énergie à utiliser via le menu de pause.
Vie supplémentaire	Vous donne une vie supplémentaire. Vous pouvez accumuler jusqu’à neuf vies.