Als je de robotbaas van een level verslaat, krijgt Mega Man zijn wapen. Bovendien krijgt Rush, de robothond van Mega Man, extra functies bij het verslaan van bepaalde robotbazen. Rush kan vanaf het begin van het spel de springplankfunctie gebruiken.

Verder zijn er twee speciale adapters in de levels verborgen. Blijf op de uitkijk!

Om een wapen, Rush-upgrade of adapter te kiezen of te gebruiken druk je op om het pauzemenu weer te geven, selecteer je met een wapen, item of energiecapsule en bevestig je met of .

Als je een wapen van een robotbaas, een Rush-upgrade of een adapter gebruikt, loopt de wapenenergiemeter van het gebruikte item langzaam leeg. Je kunt de wapenenergiemeter aanvullen door wapenenergie-items te pakken. Als je een nieuw level kiest wordt alle energie aangevuld. Bovendien hoef je de Mega Buster, het wapen waar Mega Man mee begint, niet aan te vullen.

Opmerking: tussen opeenvolgende levels wordt wapenenergie niet aangevuld.

Mega Buster	Dit is het standaardwapen van Mega Man. Om een opgeladen schot af te vuren houd je ingedrukt en laat je deze los als Mega Man begint te knipperen.
Flash Stopper (Bright Man)	Met dit wapen zet je de tijd stil, waardoor vijanden verstarren en je ongestoord op ze kunt vuren. Dit effect duurt een bepaalde tijd. De meeste eindbazen zijn immuun voor dit wapen.
Rain Flush (Toad Man)	Met dit wapen lanceer je een capsule de hoogte in, die vervolgens explodeert en met een hagel van zure regen vijanden schade toebrengt.
Drill Bomb (Drill Man)	Met dit wapen vuur je een kleine boor af, die explodeert zodra hij iets raakt. Je kunt de boor ook eerder laten ontploffen door op te drukken.
Pharaoh Shot (Pharaoh Man)	Met dit wapen vuur je een bolletje af. Je kunt deze net als de Mega Buster opladen. De grootte van de bol boven het hoofd van Mega Man geeft aan in hoeverre het bolletje is opgeladen. Deze bol kan vijanden ook schade toebrengen.
Ring Boomerang (Ring Man)	Met dit wapen vuur je een grote, snelle ring af, die vervolgens naar je terugkeert. De ring heeft een kort bereik, maar een hoge snelheid.
Dust Crusher (Dust Man)	Met dit wapen vuur je een uit samengepakt afval bestaand projectiel af, dat krachtiger is dan je normale schoten en in vier richtingen uiteenspat als het een vijand raakt.
Dive Missile (Dive Man)	Met dit wapen vuur je een hittezoekende raket af.
Skull Barrier (Skull Man)	Dit wapen omringt je met een beschermend schild dat vijanden kan beschadigen. Als het schild door een aanval wordt geraakt, verdwijnt het.

Om een Rush-upgrade te gebruiken rust je je ermee uit en druk je op om Rush naar je toe te laten teleporteren. Spring op Rush om hem als springplank te gebruiken (Coil) of hem te besturen (Marine, Jet). Zolang je Rush gebruikt kun je op normale wijze met je Mega Buster schieten, maar kun je geen opgeladen schoten afvuren.

Rush Coil (springplank)	Hiermee roep je Rush naar je toe om hem te kunnen gebruiken als een springplank, waardoor je hoger kunt springen.
Rush Marine (onderzeeër)	Hiermee verandert Rush in een mini-onderzeeër, waardoor je je met gemak onder water kunt voortbewegen. Deze upgrade kan niet op het droge worden geactiveerd. Je kunt Rush besturen met .
Rush Jet (vliegtuig)	Hiermee verandert Rush in een hoverboard. Als je op hem springt vliegt hij vooruit. Je kunt Rush besturen met ⇧ / ⇩.

Wire Adapter (kabeladapter)	Houd ⇧ ingedrukt en druk op om een grijphaak omhoog te schieten. De haak blijft aan het plafond haken en trekt je omhoog. Druk op ⇩ of om de haak los te maken. De haak brengt schade toe aan alle vijanden die erdoor worden geraakt.
Balloon Adapter (ballonadapter)	Met dit item creëer je een zwevend ballonplatform, dat een paar seconden lang opstijgt en dan verdwijnt. Gebruik deze als traptreden om grote hoogten te bereiken!

Tijdens het spel kun je diverse items verzamelen. Sommige vind je naarmate je verder komt in een level, andere verschijnen wanneer je een vijand verslaat.

Levensenergie	Dit item vind je in twee soorten: een kleine herstelt twee streepjes van Mega Mans levensenergie en een grote tien.
Wapenenergie	Dit item is er in twee soorten: een kleine herstelt twee streepjes van Mega Mans wapenenergie en een grote tien. De herstelde wapenenergie kan worden gebruikt voor het wapen, de Rush-upgrade of de adapter die op dat moment in gebruik is.
Energiecapsule	Je kunt maximaal negen energiecapsules in je bezit hebben. Je kunt ze gebruiken via het pauzemenu. Als je er eentje gebruikt, wordt de levensenergiemeter van Mega Man volledig hersteld.
1 UP	Hiermee krijgt Mega Man een extra leven. Hij kan maximaal negen levens hebben.