Wurde der Bossgegner eines Levels besiegt, erhält Mega Man seine Waffe. Darüber hinaus erlernt beim Sieg über bestimmte Bossgegner auch Mega Mans Roboterhund Rush neue Fähigkeiten. Rush besitzt die Fähigkeit Rush Coil (Rush-Sprungfeder) von Beginn des Spiels an.

Außerdem verbergen sich in den Leveln auch zwei spezielle Adapter, die gefunden werden wollen. Halte die Augen offen!

Um eine Waffe, eine Rush-Fähigkeit oder einen Adapter auszurüsten, drücke , um das Pausenmenü aufzurufen. Verwende , um eine neue Waffe, ein Item oder einen Energiebehälter auszuwählen, und bestätige deine Wahl mit oder .

Wenn eine Bossgegner-Waffe, eine Rush-Fähigkeit oder ein Adapter verwendet wird, wird die entsprechende Waffenenergieleiste schrittweise abnehmen. Die Waffenenergieleiste wird durch Aufsammeln von Waffenenergie-Items wiederaufgefüllt. Beim Beginn eines neuen Levels wird jede Art von Energie wiederhergestellt. Außerdem ist es nicht notwendig, Mega Mans Standardwaffe, den Mega Buster, wiederaufzuladen.

Hinweis: Zwischen direkt aufeinanderfolgenden Leveln wird die Waffenenergie nicht wiederaufgefüllt.

M. BUSTER (MEGA BUSTER)	Mega Mans Standardwaffe. Indem du gedrückt hältst bis Mega Man blinkt, und den Knopf dann loslässt, kannst du einen aufgeladenen Schuss abfeuern.
BRIGHT (FLASH STOPPER)	Lässt die Zeit stillstehen, sodass du deine Armkanone auf die unbeweglichen Gegner abfeuern kannst. Dieser Effekt hält für einen kurzen Zeitraum an. Die meisten Bossgegner sind immun gegen diese Waffe. Wird von Bright Man verwendet.
TOAD (RAIN FLUSH)	Lässt einen kleinen Behälter aufsteigen, der explodiert und einen Hagel säurehaltigen Regens auf alle Gegner auf dem Bildschirm niederregnen lässt. Wird von Toad Man verwendet.
DRILL (DRILL BOMB)	Feuert einen kleinen Bohrer ab, der beim Aufprall explodiert. Du kannst ihn auch vorzeitig zünden, indem du drückst. Wird von Drill Man verwendet.
PHARAOH (PHARAOH SHOT)	Feuert eine kleine Kugel ab. Sie kann aufgeladen werden wie der Mega Buster. An der Größe der Kugel über deinem Kopf kannst du den Fortschritt der Aufladung erkennen. Diese Kugel kann außerdem Gegnern Schaden zufügen. Wird von Pharaoh Man verwendet.
RING (RING BOOMERANG)	Feuert einen großen, schnellen Ring ab, der dann wie ein Bumerang zurückkehrt. Kurze Reichweite, aber hohe Schnelligkeit. Wird von Ring Man verwendet.
DUST (DUST CRUSHER)	Feuert ein Projektil aus verdichtetem Müll ab. Diese Projektile sind stärker als deine normalen Schüsse und explodieren beim Aufprall. Wird von Dust Man verwendet.
DIVE (DIVE MISSILE)	Feuert eine zielsuchende Rakete ab. Wird von Dive Man verwendet.
SKULL (SKULL BARRIER)	Umgibt dich mit einer Barriere, die dich schützt und deinen Gegnern Schaden zufügt. Verschwindet bei einem Treffer. Wird von Skull Man verwendet.

Um eine Rush-Fähigkeit zu verwenden, rüste sie aus und drücke , damit Rush sich vor dir materialisiert. Springe auf Rush, um ihn als Sprungfeder zu verwenden oder steuere ihn (Mini-U-Boot, Hoverboard). Während du eine Rush-Fähigkeit verwendest, kannst du deine Armkanone wie gewohnt verwenden, aber keine aufgeladenen Schüsse abfeuern.

R. COIL (RUSH COIL)	Rufe Rush und verwende ihn als Sprungfeder. So kannst du besonders hohe Sprünge durchführen.
R. MARINE (RUSH MARINE)	Rush verwandelt sich in ein Mini-U-Boot, das dir erlaubt, dich mit Leichtigkeit unter Wasser zu bewegen. Kann nicht an Land aktiviert werden. Du kannst Rush mit steuern.
R. JET (RUSH JET)	Rush verwandelt sich in ein Hoverboard. Spring darauf und er fliegt vorwärts. Du kannst Rush mit ⇧ / ⇩ steuern.

WIRE (WIRE ADAPTOR)	Halte ⇧ gedrückt und drücke , um einen Greifhaken nach oben abzufeuern, der an der Decke haftet und dich nach oben zieht. Löse den Haken wieder, indem du ⇩ oder drückst. Der Haken fügt Gegnern, die sich in seinem Weg befinden, Schaden zu.
BALLOON (BALLOON ADAPTOR)	Eine schwebende, von Ballons getragene Plattform erscheint, die langsam nach oben steigt und nach ein paar Sekunden wieder verschwindet. Verwende sie als Stufe, um höhergelegene Bereiche zu erreichen!

Auf deinem Weg gibt es verschiedene Items einzusammeln. Manche Items findest du auf dem Weg durch den Level, andere erscheinen, wenn du einen Gegner besiegt hast.

Energie	Hiervon gibt es zwei Arten: eine kleine, die zwei Balken von Mega Mans Energie wiederherstellt, und eine große, die zehn Balken wiederherstellt.
Waffenenergie	Hiervon gibt es zwei Arten: eine kleine, die zwei Balken von Mega Mans Waffenenergie wiederherstellt, und eine große, die zehn Balken wiederherstellt. Die wiederhergestellte Waffenenergie wird der gerade verwendeten Waffe, Rush-Fähigkeit oder dem gerade verwendeten Adapter zugeführt.
Energiebehälter	Du kannst bis zu neun Energiebehälter tragen, die im Pausenmenü verwendet werden. Wenn einer verbraucht wird, füllt er Mega Mans Energieleiste komplett wieder auf.
1 UP	Dies erhöht die Anzahl von Mega Mans Versuchen um eins, bis zu einem Maximum von neun Versuchen.