El despiadado emperador Garuda gobierna la ciudad bajo su despótico yugo, y solo Hayate y Kaede, dos aguerridos ninjas del ancestral clan Iga, tienen el valor suficiente para plantarle cara.

Para luchar como un verdadero ninja, tendrás que seguir tu instinto y emplear tus reflejos para hacer frente al ejército del emperador, compuesto por soldados de élite, sigilosos y letales ninjas, y todo tipo de robots asesinos. ¡Prepárate para correr, esquivar, saltar, agarrarte a las plataformas y moverte por ellas! ¡Utiliza todas las armas ninja a tu alcance para derrotar a las fuerzas del mal!
Cada vez que recibas un impacto, tu barra de salud disminuirá. Si se vacía completamente, se acabará el juego y se mostrará la pantalla de fin de la partida. Selecciona CONTINUE (Continuar) si quieres proseguir la aventura o END (Terminar) para finalizar la partida y regresar a la pantalla del título. Ten en cuenta que dispones de un número limitado de continuaciones.
Cuando juguéis en el modo para dos jugadores, cada personaje dispondrá de su propia barra de salud, pero ambos compartirán el número de continuaciones. Si uno de los dos ninjas cae en combate, su compañero seguirá avanzando en solitario, y el jugador del personaje vencido podrá pulsar cualquier botón para continuar. Pero, ¡cuidado! Si ambos caéis derrotados al mismo tiempo o no os quedan más continuaciones, se mostrará directamente la pantalla de fin de la partida.