De krankzinnige Emperor Garuda heeft de stad in zijn kwaadaardige greep. Alleen Hayate en Kaede, twee dappere ninjastrijders van de Iga-clan, durven het tegen hem op te nemen.

Spelend als deze ninja’s zul je al je instincten en reflexen moeten gebruiken om Garuda's leger van boosaardige soldaten, behendige ninja’s en gigantische robots de baas te kunnen. Ren, buk, spring, klim en slinger jezelf door de levels, en gebruik al je ninjawapens om de vijanden te verslaan.
Wanneer je geraakt wordt door een vijand of wapen loop je schade op en verlies je levensenergie. Wanneer de levensenergiebalk leeg is ga je automatisch naar het speleindescherm. Selecteer CONTINUE (verdergaan) om het nog eens te proberen of END (einde) om terug te gaan naar het titelscherm. Het aantal keren dat je nog verder kunt spelen wordt hier ook weergegeven.
Wanneer je met twee spelers tegelijk speelt heeft iedere speler zijn eigen levensenergiebalk. Het aantal keren dat je nog verder kunt spelen wordt gedeeld tussen beide spelers. Wanneer één levensenergiebalk leeg raakt is die ninja verslagen, en zal de ander alleen verder moeten. De verslagen speler kan dan op een willekeurige knop drukken om verder te spelen. Wanneer beide ninja’s tegelijkertijd verslagen worden, of alle levens verspeeld zijn, zal het speleindescherm verschijnen.