Der verrückte Kaiser Garuda hält die Stadt in seinen teuflischen Klauen. Einzig Hayate und Kaede, zwei tapfere Ninja des Iga-Klans, wagen es, sich ihm entgegen zu stellen.

Als Ninja wirst du all deine Instinkte und Reflexe einsetzen müssen, um es mit Garudas Armee aus bösen Soldaten, flinken Ninja und monströsen Robotern aufzunehmen. Du rennst, weichst aus, springst, hangelst und schwingst dich durch ein Labyrinth voller Gegner und schlägst sie mit den Waffen der Ninja in die Flucht!
Wirst du von einem Gegner oder einer Waffe getroffen, trägst du Schaden davon und deine Energieleiste leert sich. Ist deine Energieleiste gänzlich erschöpft, erscheint der Game Over-Bildschirm. Wähle CONTINUE (Fortsetzen) aus, um es noch einmal zu versuchen oder END (Beenden), um zum Titelbildschirm zurückzukehren. Auf dem Game Over-Bildschirm wird rechts neben der Option CONTINUE (Fortsetzen) angezeigt, wie oft du das Spiel noch fortsetzen kannst.

In einem Zweispielerspiel hat jeder Spieler seine eigene Energieleiste und die Spieler teilen sich die Anzahl der möglichen Versuche. Sind alle Energiebalken eines Ninja zur Neige gegangen, geht er zu Boden und der andere Spieler spielt allein weiter. Der besiegte Spieler kann dann einen beliebigen Knopf drücken, um wieder ins Spiel zurückzukehren. Gehen beide Ninja gleichzeitig zu Boden oder wurden alle Versuche aufgebraucht, erscheint der Game Over-Bildschirm.