Si pulsas durante una partida, abrirás el menú de pausa, en el que hay varias opciones. Para cancelar la pausa y volver a la partida, pulsa o .

GIVE UP (Rendirse)	Si eliges YES (Sí), la partida terminará y tus avances en el problema actual se perderán.
SAVE (Guardar)	Si eliges YES (Sí), guardarás lo que hayas hecho en el problema. La siguiente vez que retomes la partida, continuarás el problema tal y como lo dejaste.
BGM (Música)	Cambia la música del juego o desactívala.
STEREO (Estéreo)	Elige entre ON (Activado) y OFF (Desactivado).
HINT -5 (Pista -5) (Solo en Mario’s Super Picross)	Si eliges YES (Sí), obtendrás una pista al azar determinada por la ruleta de pistas. Cada vez que uses esta opción, perderás cinco minutos de tiempo.
? START (Inicio ?) (Solo en Wario’s Super Picross)	Si eliges YES (Sí), empezarás el modo de ensayo y error. Las casillas cinceladas y las “X” marcadas aparecerán en amarillo en el panel de prueba. Para salir de este modo, pulsa y selecciona ? END (Terminar ?). A continuación, tendrás que decidir si quieres que los cambios hechos pasen al panel de juego. Escoge la opción de la izquierda si quieres conservarlos o la de la derecha si quieres descartarlos. No podrás guardar en el modo de ensayo y error.