Appuyez sur pour mettre le jeu en pause et afficher le menu pause. Pour reprendre le jeu, appuyez sur ou sur . Le menu pause contient plusieurs options. Sélectionnez-les avec . Sélectionnez ensuite les différents choix possibles avec et confirmez avec . Lorsque vous avez fini de changer les options, appuyez sur pour retourner à la grille.

GIVE UP (Abandonner)	Sélectionnez YES pour mettre fin au jeu. Votre progression n’est pas sauvegardée.
SAVE (Sauvegarder)	Sélectionnez YES pour sauvegarder votre progression. Vous pourrez reprendre votre grille là où vous l’avez laissée.
BGM (Musique de fond)	Vous pouvez changer la musique du jeu ou la couper.
STEREO	Vous pouvez actionner ou couper le mode STEREO.
HINT -5 (Aide, dans Mario’s Super Picross)	Si vous sélectionnez YES, une ligne et une colonne sont dévoilées. Chaque fois que vous demandez de l'aide, 5 minutes sont déduites de votre temps.
? START (Mode Hypothèse, dans Wario’s Super Picross)	Si vous sélectionnez YES, vous accédez au mode Hypothèse. Ce mode vous permet de tester vos combinaisons. Dans ce mode, les cases noircies et les croix apparaissent en jaune. Pour quitter ce mode, appuyez sur et sélectionnez ? END. Vous pouvez transférer ce que vous avez trouvé vers la grille sur laquelle vous êtes en train de jouer. Sélectionnez YES (option à gauche) pour appliquer votre hypothèse ou NO (option à droite) pour ignorer cette option. Vous ne pouvez pas sauvegarder tant que vous êtes en mode Hypothèse.