Premi durante una partita per accedere allo schermo di pausa. Premi oppure per riprendere a giocare. Lo schermo di pausa contiene un gran numero di opzioni. Selezionane una con e vedrai apparire una serie di voci. Seleziona la voce desiderata con e premi per confermare. Quando hai finito di impostare le opzioni, premi per ritornare al puzzle.

GIVE UP (Abbandona)	Se confermi (YES), la partita terminerà e i tuoi progressi nel puzzle andranno perduti.
SAVE (Salva)	Se confermi (YES), potrai salvare i tuoi progressi. In questo modo, potrai riprendere la partita da dove l’hai interrotta.
BGM (Suoni)	Puoi cambiare la musica di gioco oppure disattivarla del tutto.
STEREO	Puoi attivare (ON) o disattivare (OFF) l’audio STEREO.
HINT -5 (Aiuto -5) (Solo in Mario’s Super Picross)	Se confermi (YES), riceverai un aiuto determinato a caso dalla roulette. Tuttavia, ogni aiuto richiesto ti costerà cinque minuti.
? START (Funzione Bozza) (Solo in Wario’s Super Picross)	Se confermi (YES), attiverai la funzione Bozza che ti permetterà di sperimentare varie soluzioni. Le caselle scolpite o marcate con una X appariranno in giallo su una griglia provvisoria. Per uscire da questa funzione, premi e seleziona ? END (Termina funzione bozza). Ti verrà chiesto se vuoi trasferire i tuoi tentativi sulla griglia del puzzle. Scegli “Sì” (opzione a sinistra) se vuoi trasferirli oppure “No” (a destra) se preferisci evitare il trasferimento. Non è possibile salvare mentre stai usando la funzione Bozza.