Samus Aran a pour mission d’infiltrer le quartier général des pirates de l’espace de Zèbes et de récupérer la larve Métroïde. Utilisez toutes les techniques à votre disposition pour explorer les six zones de la planète. Samus gagne en puissance grâce aux objets qu’elle trouve en chemin. Elle apprend également de nouveaux mouvements et des compétences spéciales qui lui permettent d’avoir accès à de nouveaux endroits.