La missione di Samus Aran è infiltrarsi nel quartier generale dei Pirati Spaziali di Zebes e ritrovare la larva di Metroid. Devi usare tutte le tue abilità per esplorare le sei aree del pianeta. L’armamento di Samus diventerà sempre più potente man mano che troverà strumenti aggiuntivi. Imparerà anche nuove mosse e abilità speciali che le permetteranno di entrare in aree fino ad allora inaccessibili.