Samus Arans Mission besteht darin, in das Hauptquartier der zebesianischen Weltraumpiraten einzudringen und die Metroid-Larve zurückzuholen. Auf dem Weg durch die sechs verschiedenen Gebiete des Planeten wirst du alle deine Fähigkeiten benötigen. Samus wird stärker, wenn sie bestimmte Items findet. Sie wird neue Fähigkeiten erlernen, mit denen sie vorher unzugängliche Gebiete erforschen kann.