Door kleine aanpassingen te maken aan het originele ontwerp van Dr. Light, begon Dr. Cain een nieuwe generatie robots te produceren genaamd reploids. Deze geavanceerde robots werden al snel deel van het dagelijks leven en werkten nauw samen met de mens.

Plots keerden de reploids zich tegen de mens. Dr. Cain kon deze omslag in gedrag niet verklaren. De machtige reploid Sigma werd gekozen als leider van een groep die de vrede moest herstellen. Tot overmaat van ramp keerde Sigma zich ook tegen de mensheid – hij vond de mens inferieur en stelde als doel de totale uitroeiing van het menselijk ras.

Sigma en zijn onderdanen hebben de stad overgenomen. De laatste reploids die nog trouw zijn aan de mensheid maken zich klaar voor de strijd tegen Sigma en zijn leger. Geleid door de robots X en Zero gaat deze kleine groep de mensheid proberen te redden!

Systeemstatusscherm

Bekijk het systeemstatusscherm van X door op te drukken. Dit scherm toont alle speciale wapens en de bijbehorende energieniveaus. Het toont ook de levensenergiemeter, het levensenergieniveau van een sub-container en het aantal resterende levens van X. Gebruik om naar een van de wapens te gaan en druk op om je met het wapen uit te rusten.

X is tevens uitgerust met een ontsnappingseenheid die hij alleen kan gebruiken in een level dat al is voltooid. De eenheid werkt niet in een level dat niet is voltooid. De ontsnappingseenheid stelt X in staat om sommige levels beter te doorzoeken zonder dat hij daarvoor naar het eind van een level hoeft te gaan.

Levensenergiemeter

X is uitgerust met een microfusiecontainer. Zijn huidige levensenergieniveau wordt getoond via de levensenergiemeter in de linkerbovenhoek van het scherm. Elke keer wanneer X schade oploopt slinkt zijn levensenergieniveau. Verloren energie kan worden aangevuld door normale energiecapsules te verzamelen. Blijf energiecapsules verzamelen en X kan oneindig lang functioneren.

X kan maximaal vier sub-containers bij zich dragen. Deze sub-containers dienen als levensenergie in noodgevallen. Wanneer X een sub-container heeft uitgerust, worden alle energiecapsules die worden verzameld wanneer de levensenergiemeter van X vol is automatisch toegevoegd aan de sub-container. Energie kan van de sub-container naar de levensenergie van X worden verplaatst via het systeemstatusscherm. Druk op om het systeemstatusscherm te activeren, gebruik om naar de sub-container te gaan en vervolgens op om te container leeg te laten lopen.