Nel corso di alcuni scavi archeologici, il Dr. Cain scoprì il laboratorio del Dr. Thomas Light, il famoso costruttore di robot. Nonostante gran parte della struttura fosse danneggiata, gli appunti di progettazione delDr. Light erano ancora integri e persino una capsula era rimasta intatta. Questa conteneva un robot incredibilmente sofisticato: X. Il Dr. Cain decise di attivarlo, scoprendo con suo grande stupore che il robot era in grado di pensare e prendere le proprie decisioni. X sembrava più un essere umano che una macchina!
Dopo aver leggermente modificato gli appunti di progettazione del famoso scienziato, il Dr. Cain cominciò a costruire una nuova generazione di robot, chiamati Reploid. Queste macchine sofisticate divennero, in breve tempo, parte della vita quotidiana, lavorando al fianco degli esseri umani in ogni strato della società.
Improvvisamente, i Reploid cominciarono a ribellarsi e ad aggredire la gente comune in varie parti della città.
Il Dr. Cain non riuscì a trovare una spiegazione per l’accaduto. Per correre ai ripari, un potente Reploid di nome Sigma fu posto a capo di un gruppo di cacciatori e incaricato di fermare i robot ribelli. Tuttavia, Sigma non solo si unì alla ribellione, ma decise anche che il genere umano era inferiore ai Reploid e, pertanto, andava estirpato dal pianeta.
Allo stato attuale, Sigma e il suo gruppo di ribelli hanno la città intera sotto controllo. Gli ultimi cacciatori ancora fedeli agli esseri umani stanno per entrare in azione, per affrontare Sigma e il suo esercito. Guidato dai robot X e Zero, questo ristretto contingente si mobilita per salvare l’umanità!
per accedere allo schermo di stato di X. Qui puoi vedere tutte le armi speciali disponibili e i rispettivi livelli energetici, nonché la barra dell’energia vitale di X, il livello dei serbatoi di energia vitale ausiliari e le vite rimanenti. Usa 
per evidenziare un’arma e premi per equipaggiarla.Il nostro eroe cibernetico è anche dotato di una speciale unità di evacuazione, che permette di abbandonare istantaneamente il livello in corso. Grazie a questo strumento, potrai rivisitare i livelli già completati, per esplorarne meglio alcune aree senza l’obbligo di arrivare alla fine. Tuttavia, l’unità non funziona nei livelli non ancora completati.
X è anche in grado di portare con sé fino a 4 serbatoi di energia vitale ausiliari, da utilizzare come fonte di alimentazione d’emergenza. Quando disponi di un serbatoio ausiliario, se raccogli delle sfere d’energia vitale e la barra dell’energia vitale è già al massimo, l’energia in eccesso viene automaticamente immagazzinata nel serbatoio stesso. Al momento opportuno, potrai trasferire la carica energetica dal serbatoio alla barra di X tramite lo schermo di stato. Per farlo, accedi allo schermo menzionato premendo
, usa per selezionare un serbatoio ausiliario e premi 
per avviare il trasferimento.
Premi 
e 
per passare da un’arma all’altra tra quelle disponibili. Man mano che sconfiggi i boss dei vari livelli, acquisirai le loro armi, che potrai attivare e utilizzare tramite Raccogli le varie sfere di energia arma per mantenere le tue armi speciali sempre cariche. Se raccogli una di queste sfere mentre non utilizzi alcuna arma speciale, la ricarica verrà assegnata automaticamente all’arma con il livello energetico più basso.
