Nos encontramos en Guardia, un pacífico reino en el que se está celebrando la llegada del año 1000. En este particular momento de la historia, Crono, un joven guerrero elegido por los espíritus que guardan el planeta, inicia un viaje para librar a la humanidad de un futuro marcado por el desastre.

En el mundo de Chrono Trigger tu misión consistirá en viajar a través del tiempo para cambiar el curso de la historia y detener a Lavos, un malvado ser que intenta destruir el planeta. A lo largo de tu odisea deberás enfrentarte a feroces monstruos y conocerás a una gran variedad de personajes, tanto en el pasado como en el futuro. Algunos se convertirán en poderosos aliados que te acompañarán en tu misión, y otros te proporcionarán información que te será de gran utilidad. ¡Presta mucha atención a todo lo que digan!
Chrono Trigger tiene diversos finales alternativos, y el desenlace de la historia dependerá de varios factores, como el lugar o la época en la que derrotes al jefe final.