Un día se oyó una explosión enorme en South Island. En la tierra se abrieron profundas grietas y aparecieron nuevos y asombrosos lugares. Mientras los animales buscaban respuestas, Flicky the Bluebird ya sabía qué había pasado. Las Chaos Emeralds habían desaparecido de la North Cave. Mientras Tails explicaba las horribles consecuencias de este hecho, un aparatejo que les resultaba bastante familiar les pasó volando por encima. En él se encontraba el Dr. Eggman (también conocido como Dr. Robotnik) y, aferrada a la parte de abajo del vehículo, la Chaos Emerald roja. El Dr. Eggman anunció que pretendía conseguir las demás Chaos Emeralds para dominar así el mundo entero. Sonic y Tails deberán darse prisa y conseguir las otras cinco Chaos Emeralds si quieren restaurar la paz en la isla.

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