Il vulcano Mt. Mobius, sul quale si erge la Veg-O-Fortress, è tenuto stabile dai Chaos Emerald. Senza gli Emerald, una violenta eruzione distruggerebbe completamente la fortezza!
La missione di Sonic è quella di raccogliere tutti i Chaos Emerald installati nel sistema del flipper per distruggere la Veg-O-Fortress.