 El Death Egg del Dr. Robotnik (también conocido como Dr. Eggman) ha perdido su capacidad de volar después de estrellarse en la misteriosa Isla Flotante. Al saber que las Chaos Emeralds que hay en esta isla pueden hacer que el aparato pueda volver a volar, Robotnik decide tomarlas del guardián que cuida de ellas. Este guardián es un equidna llamado Knuckles que no tarda en tragarse las mentiras de Robotnik acerca de que Sonic y Tails están intentando robarle las Chaos Emeralds. En esta aventura, Sonic y Tails deberán enfrentarse a los robots de Robotnik, ser más astutos que Knuckles y buscar al mismísimo Dr. Robotnik para poner fin a su diabólico plan.
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