Sonic affrontera Dr. Robotnik dans le troisième acte de chaque zone. Comme toujours, il s’accompagne d’une de ses inventions. Il faudra l’attaquer plusieurs fois (il clignote lorsqu’il est touché) pour vaincre Robotnik. Mémorise ses coups offensifs et contre-attaque avec une Attaque tourbillon quand il baisse sa garde. Remarque : tu commenceras la bataille sans aucune Ring, donc tu devras en ramasser au moins une pour survivre. Une fois que tu l’as vaincu dans chaque acte, tu passeras à la zone suivante. Si tu arrives à le battre dans la zone finale et si tu possèdes toutes les Chaos Emeralds, tu pourras jouer dans la Final Fight Zone (zone finale de combat).