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Acciones básicas
Estamos en el siglo 19. Al protagonista, Moonlight, le atormenta un oscuro recuerdo, en el que él es un lobo, y es testigo de la muerte de su padre.

Tras 16 años de ser criado como un ninja, Moonlight descubre que su padre era un "ninja rebelde" y su asesino era un ninja también. Moonlight decide convertirse en un "rebelde" para vengar la muerte de su padre además de esclarecer los misterios relacionados con su nacimiento.

Ninja Spirit es un juego de acción que incluye 7 capítulos. Esquiva los continuos ataques de los clanes ninja rivales y derrota a los jefes al final de cada capítulo.

Armas

Cada una de las armas del protagonista tiene características especiales que la hacen efectiva resistiendo determinados ataques enemigos. También puedes recoger objetos para aumentar el poder de tus armas.

La Katana tiene un alcance corto, pero puede ser utilizada para destruir proyectiles enemigos. El alcance de la Katana puede aumentarse recogiendo objetos.

El Shuriken es el arma más débil, pero puede ser utilizada para atacar a enemigos a grandes distancias. El Shuriken se puede mejorar para disparar en tres direcciones.

Las Bombas son lentas, pero tienen el poder de ataque más grande y son muy efectivas contra enemigos con una gran defensa. Mejora las Bombas para lanzarlas más rápido.

A pesar de que la cadena con hoz deja a Moonlight expuesto a los ataques, su poder y distancia de ataque son grandes. El arma puede ser utilizada para destruir proyectiles enemigos. Cuando se mejora, puedes usar para controlar su dirección.