Nachdem er 16 Jahren lang zum Ninja erzogen wurde, findet Moonlight heraus, dass sein Vater ein "Schurkenhafter Ninja" war und sein Mörder auch ein Ninja. Moonlight beschließt selbst ein “Schurke” zu werden, um den Tod seines Vaters zu rächen und die Mysterien um seine Geburt zu lüften.

Ninja Spirit ist ein Action-Spiel das 7 Kapitel beinhaltet. Meide die ständigen Angriffe der anderen Ninja-Clans und besiege die Endgegner am Ende jedes Kapitels.

Jede Hauptwaffe des Charakters hat eine besondere Eigenschaft, die sich Effektiv gegen gegnerische Angriffe einsetzen lassen. Du kannst auch Gegenstände einsammeln, um deine Waffen aufzurüsten.

Das Katana hat eine kurze Reichweite, aber es kann gegnerische Projektile zerstören. Die Reichweite des Katanas kann durch Aufsammeln von Gegenständen erhöht werden.

Der Shuriken ist die Schwächste der Waffen, aber man kann damit Gegner aus großer Distanz angreifen. Das Shuriken kann durch Aufrüstung in bis zu drei Richtungen geworfen werden.

Bomben sind langsam, aber besitzen die stärkste Angriffskraft und sind effektiv gegen Gegner mit starken Schutz. Rüste sie auf, um sie schneller zu werfen.

Obwohl Kette und Sichel Moonlight angreifbar machen, ist die Stärke und die Angriffsdistanz hoch. Die Waffe kann gegnerische Projektile zerstören. Durch Aufrüstung lässt sich mit die Richtung kontrollieren.