Deux années ont passées depuis qu'"ARNOLD" et "SONYA" ont tous les deux été transformés en Shockman et ont commencé à combattre l'armée du mal.

Recevant un message du professeur pour "retourner dans leur corps", ils se dirigent vers son laboratoire. Mais un mystérieux ennemi leur a tendu une embuscade mortelle...

Nos deux héros sortent victorieux de ce combat, mais un flash spécial sur les écrans de la ville annonce l'invasion de la terre par le maléfique "EMPIRE RYO". Ils se dépêchent alors de se rendre au laboratoire mais le professeur à malheureusement déjà été enlevé.

Dans l'impossibilité de retourner dans leur corps originel, ils décident de sauver le professeur disparu des griffes du mal.

Les 8 niveaux sont divisés en "action" et "shoot'em up".

	Niveau action

Abattez tous vos ennemis à l'aide de votre rayon. Un boss vous attends à la fin de chaque niveau.
Anéantissez le boss puis déplacez-vous vers un endroit précis pour terminer le niveau.

Terrassez certains ennemis pendant le niveau pour obtenir des objets.

	Niveau shoot'em up

Les niveaux 2, 5, et 7 sont des shoot'em up à scrolling horizontal. Anéantissez le boss pour terminer le niveau.

Vous perdez de la vie si vous êtes touché par une attaque ennemie ou par un obstacle.
Vous pouvez utilisez le Shockbeam, mais pas de super technique dans ces niveaux.

Si votre jauge de vie est épuisée, c'est GAME OVER.
Deux joueurs peuvent s'entre-aider en mode coopération, mais ils partagent alors la même jauge de vie.