Sono trascorsi due anni da quando "ARNOLD" e "SONYA" sono stati trasformati in degli Shockman e hanno iniziato a combattere contro l'esercito del male.

Dopo aver ricevuto dal Professore l'invito a "tornare nei loro corpi", i due si dirigono verso il laboratorio, ma lungo la strada cadono in un'imboscata tesa da un misterioso nemico.

Scampati alla trappola, Arnold e Sonya ascoltano un notiziario televisivo che annuncia l'invasione della Terra da parte del "RYO EMPIRE". Sconcertati dalla notizia, si precipitano al laboratorio, dove scoprono che il Professore è stato rapito.

La scomparsa del Professore impedisce ad Arnold e Sonya di tornare nei loro corpi. Non c'è alternativa: i due dovranno salvarlo a qualsiasi costo, strappandolo dalle mani dei rapitori.

Gli otto livelli del gioco si dividono in "sequenze d'azione" e "sequenze shoot'em up".

	Sequenze d'azione

In questi livelli dovrai sconfiggere gli avversari usando il tuo raggio. Al termine di ciascun livello dovrai affrontare un pericoloso Boss.
Per superare il livello dovrai eliminare il Boss e spostarti in un punto particolare dell'area di gioco.

Durante i livelli d'azione, alcuni nemici sconfitti lasceranno cadere degli oggetti che potrai raccogliere.

	Sequenze shoot'em up

Nei livelli 2, 5 e 7 dovrai eliminare i nemici sparando con le tue armi. Per superare ciascun livello, dovrai sconfiggere il Boss che ti attende al termine dell'area.

Subirai danni se vieni colpito dai nemici o da un ostacolo.
In questi livelli potrai usare lo Shockbeam, ma non le super tecniche.

Se il tuo indicatore di energia vitale si esaurisce, è GAME OVER.
Nel caso due utenti giochino insieme, condivideranno lo stesso indicatore di energia vitale.