Door koekjes te laten verdwijnen, stijgen de koekjesmeters (rechtsonder in het scherm). Telkens als je drie koekjes laat verdwijnen, vult de desbetreffende koekjesmeter zich met één punt. Wanneer je vijf punten op een koekjesmeter hebt gehaald, verdien je een Yoshi-koekje. Deze Yoshi-koekjes kun je in de plaats van elk ander koekje gebruiken. Als een Yoshi-koekje verschijnt, leegt de koekjesmeter zich.