In het schijnbaar vreedzame koninkrijk Guardia wordt in 1000 A.D. de jonge Crono gekozen door de beschermgeesten om de wereld te redden van de absolute ondergang.

Jouw missie in de wereld van Chrono Trigger is heen en weer door de tijd reizen om het verloop van de geschiedenis te veranderen en te voorkomen dat Lavos zijn duistere plan kan uitvoeren. Tijdens je reis vecht je tegen monsters en ontmoet je behulpzame mensen, in zowel het verleden als de toekomst. Sommige worden je trouwe en krachtige bondgenoten, anderen geven je aanwijzingen door verhalen te vertellen. Let goed op wat ze te zeggen hebben en sterkte met je avontuur.
Chrono Trigger heeft meerdere eindes. Welk einde je te zien krijgt hangt af van vele factoren, zoals waar en wanneer je de eindbaas verslaat.